北海道東部、東北太平洋側などで平年より高い
【気圧配置】
15時では、低気圧がサハリンの北西、高気圧が日本の南東にあり、前線が東日本、西日本の南岸に停滞している。
【北日本：北海道、東北】
北海道は南西風場で晴れや曇りとなり平年並み～高く、平年より高いのは山越えの風となったオホーツク海側と東部が中心。東北も南西風場で概ね晴れて平年並み～高く、特に山越えの風となった太平洋側の沿岸部で平年より高い地点が多くなった。
【東日本：関東甲信、東海、北陸】
晴れから次第に曇って平年並みの所が多いが、晴れた時間が長い関東を中心に平年より高めの所があり、富山では南西～西の風が山を越えて吹いたため平年より高め～高い地点が多くなった。
【西日本：近畿、中国、四国、九州】
晴れや曇りで平年並みの所が多いが、中国と兵庫では雲が多く平年より低めの所があり、広島の２地点では平年より低くなった。鹿児島では１地点で日照が少なく平年より低め、１地点では晴れて平年より高めとなった。
【沖縄・奄美】
上空の気温、海面水温とも平年に近く、最高気温も全地点で平年並みとなった。
※ 9月6日の国内気温記録更新：なし
| 2018/9/6 | 20時までの最高気温平年差(小数点以下切り捨て） | |
| 地方 | 平年差の最低～最高 | 平年差の大きい地域 |
| 北海道 | 0 ～ +7 | 網走、根室、十勝+7、釧路+6、宗谷、胆振、渡島+5 |
| 東北 | 0 ～ +7 | 岩手+7、青森+6、宮城+5 |
| 関東甲信 | -2 ～ +4 | 茨城+4、栃木、群馬、東京、千葉、長野+3 |
| 東海 | -1 ～ +3 | 静岡+3 |
| 北陸 | 0 ～ +5 | 富山+5 |
| 近畿 | -4 ～ +1 | 兵庫-4 |
| 中国 | -6 ～ +1 | 広島-6、岡山-4、島根、山口-3 |
| 四国 | -1 ～ +2 | |
| 九州 | -3 ～ +3 | 鹿児島-3、+3 |
| 沖縄・奄美 | -1 ～ +2 | |
| 850hPa気温、平年差 | ||
| 2018/9/6 09時(日本時間) | ||
| 地点 | 観測値 | 平年差 |
| 稚内 | 11.6 | +1.4 |
| 札幌 | 12.6 | +1.1 |
| 釧路 | 欠 | |
| 秋田 | 13.6 | -0.4 |
| 輪島 | 15.4 | +0.3 |
| つくば | 17.0 | +0.8 |
| 八丈島 | 19.0 | +1.2 |
| 松江 | 15.2 | -0.3 |
| 潮岬 | 16.6 | -0.6 |
| 福岡 | 16.2 | -0.5 |
| 鹿児島 | 18.2 | +0.6 |
| 名瀬 | 20.0 | +1.7 |
| 南大東島 | 16.4 | -2.3 |
| 石垣島 | 19.6 | +0.8 |
| 父島 | 18.6 | +0.2 |